โซน 1 : พระพุทธเจ้า ประกอบด้วย

1.1 ระเบียงภาพพุทธประวัติ 80 ภาพ โดยครูเหม เวชกร
1.2 พุทธจริยวัตร 60 ปาง โดย ศจ.พิเศษ เสถียรพงษ์ วรรณปก
1.3 อัตชีวประวัติครูเหม เวชกร และ ศ.(พิเศษ) เสถียรพงษ์ วรรณปก
1.4 ภาพพุทธประวัติพร้อมคำบรรยายอ้างอิงพระไตรปิฎก จำนวน 80 ภาพ (ภาพวาดโดยครูเหม เวชกร) 1.5 พระประธาน : พระพุทธรูปปางปฐมเทศนา
1.6 พระพุทธชินราช ขนาดหน้าตัก 19 นิ้ว
1.7 พระพุทธรูปบูชาจากพระอารามหลวงทั่วประเทศไทย
1.8 รายชื่อพระอารามหลวงทั่วประเทศ (ข้อมูล สนง.พุทธ ปี พ.ศ.2560)

โซน 2 : พระธรรม ประกอบด้วย

2.1 เสาธรรมะ - ธรรมที่เป็นหลักสำคัญ และเสาธัมมจักกัปปวัตนสูตร
2.2 เสาธรรมะ – ธรรมที่เป็นหลักสำคัญ (จัดสงเคราะห์ในอริยสัจ 4)
2.3 กาลานุกรม : พระพุทธศาสนาในอารยธรรมโลก
2.4 พระพุทธเจ้าตรัสรู้อะไร?
2.5 พุทธสังเวชนียสถาน 4 ตำบล

โซน 3 : พระสงฆ์ (18 เกจิอาจารย์) ประกอบด้วย

3.1 รูปปั้นพระเกจิอาจารย์ 18 องค์
3.2 ประวัติย่อและโอวาทธรรมของพระเกจิอาจารย์ 18 องค์
3.3 เสาประวัติโดยย่อ และโอวาทธรรมของพระเกจิอาจารย์ 18 องค์

โซน 4 : พระบรมสารีริกธาตและพระธาตุ

พระบรมสารีริกธาตุของพระพุทธเจ้า, พระธาตุของพระอัครสาวกของพระพุทธเจ้า และพระธาตุของพระอริยสงฆ์ทั้งหลาย

โซน 5 : โลกียภูมิ ประกอบด้วย

5.1 โลกียภูมิ - ภาพพระมาลัยเทวะเถระท่องนรก – สวรรค์, และสังสารวัฏ 31 ภูมิ
5.2 พระพุทธศาสนา - ศาสนาแห่งการดับทุกข์และสร้างสุขอย่างแท้จริง และตู้หนังสือธรรมะ
5.3 ประมวลคำสอนของ 18 เกจิอาจารย์ และตู้หนังสือธรรมะ
5.4 ตู้หนังสือธรรมะ
5.5 ประมวลคำสอนของ 29 พระอรหันต์ และตู้หนังสือธรรมะ
5.6 หลวงปู่เปลี่ยน ปัญญาปทีโป – ปัญญาปทีปธรรม และธรรมะที่หลวงปู่ฝากไว้
5.7 อสุภะกรรมฐาน, กายานุปัสสนา – นวสีถิกาบรรพ
5.8 สรุปหลักธรรมที่สำคัญในพระพุทธศาสนา
5.9 สรุปหลักธรรมที่สำคัญในพระพุทธศาสนา (ภาคผนวก)
5.10 ประวัติย่อครูบาอาจารย์ 4 ท่าน

โซน 6 : บัวสี่เหล่า (บุคคล 4 จำพวก) ประกอบด้วย

6.1 บัวสี่เหล่า – ทรงพิจารณาสัตว์โลกเปรียบด้วยดอกบัว
6.2 ภาพ 3 มิติ จุดที่ 1 : พระพุทธเจ้าเสด็จบิณฑบาต
- ผนังภาพพระอรหันต์ 30 องค์ (ขวามือ)
- ผนังภาพพระเกจิอาจารย์ 18 องค์ (ซ้ายมือ)
6.3 ภาพ 3 มิติ จุดที่ 2 : พระพุทธเจ้าเสด็จลงจากสวรรค์
6.4 ภาพ 3 มิติ จุดที่ 3 : พระพุทธเจ้าประทับนั่ง (ปางมารวิชัย)

โซน 7 : สมเด็จพระสังฆราชแห่งกรุงรัตนโกสินทร์

7.1-7.21 พระประวัติโดยย่อของสมเด็จพระสังฆราชแห่งกรุงรัตนโกสินทร์ 20 พระองค์

โซน 8 : อัครสาวกของพระพุทธเจ้า ประกอบด้วย

8.1 ประวัติพระอัครสาวกองค์สำคัญของพระพุทธเจ้า
8.2 พระอสีติมหาสาวก - พระมหาสาวกผู้ใหญ่ 80 องค์
8.3 ตำแหน่งเอตะทัคคะ - พระสาวกผู้เป็นเลิศในด้านต่าง ๆ
8.4 พระพุทธพจน์ประกาศศาสนา

โซน 9 : พระพุทธพจน์เกี่ยวกับนิพพาน ประกอบด้วย

9.1 พุทธพจน์เกี่ยวกับพระนิพพาน
9.2 วิหารพระโพธิสัตว์

โซน 10 : โลกุตตรภูมิ - หลักปฏิบัติเพื่อความเป็นพระอริยบุคคล ประกอบด้วย

10.1A. สรุปเทศนาที่เป็นหัวใจของพระพุทธศาสนา (หลวงปู่เปลี่ยน ปัญญาปทีโป)
10.1B. ศีล สมาธิ ปัญญา ในทางปฏิบัติ (หลวงพ่อพุธ ฐานิโย)
10.1C. สมถะและวิปัสสนา (สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราชองค์ที่ 19)
10.1D. อุบายแห่งวิปัสสนาอันเป็นเครื่องถ่ายถอนกิเลส (หลวงปู่มั่น ภูริทัตโต)
10.1E. การปฏิบัติเริ่มต้นจนเข้าถึงพระนิพพาน (หลวงตามหาบัว ญาณสัมปันโน)
10.1F. ธรรมปฏิบัติเพื่อการบรรลุความเป็นพระอริยบุคคล (หลวงพ่อฤาษีลิงดำ)
10.1G. ปฏิปัตติปุจฉาวิสัชนา (หลวงปู่มั่น ภูริทัตโต)
10.2 ธรรมเทศนา เรียงตามหมวดของหลักธรรมปฏิบัติ
10.3 ธรรมเทศนา เรียงตามนามพระอาจารย์และชื่อเรื่อง
10.4 แผนผังธรรมะ
10.5 แผนผังโลกุตตรภูมิ

โซน 11 : ธรรมสภา-ลานธรรมปฏิบัติ ประกอบด้วย

11.1 ประดิษฐานรูปปั้นพระพุทธเจ้าประสูติ – ตรัสรู้ – ปรินิพพาน
11.2 สถานที่ฟังธรรม ปฏิบัติธรรม และประกอบศาสนพิธี

โซน 12 : พระอรหันต์ 29 องค์ ประกอบด้วย

12.1 พระประธาน : พระพุทธรูปปางปฐมเทศนา
12.2 เสาธรรมะ : ธรรมที่เป็นหลักสำคัญ (สงเคราะห์เข้าในอริยสัจ 4)
12.3 รูปปั้นพระอรหันต์ 29 องค์ พร้อมประวัติและคำสอนโดยย่อ
12.4 หลักธรรมที่เป็นหัวใจสำคัญของพุทธศาสนา

นอกจาก 12 ดังกล่าวแล้ว ยังมีโซนพิเศษ กล่าวคือ

โซน A : บทนำและคำขอบคุณ
โซน B : บรรยากาศหน้าพิพิธภัณฑ์ฯ
โซน C : ภาพวาดพุทธประวัติโดยย่อ
โซน D : พระพุทธเจ้า 29 พระองค์ และพุทธประวัติของพระพุทธเจ้า 30 พระองค์
โซน E : แผนผังพิพิธภัณฑ์ฯ ชั้น1 และชั้น2
โซน F : ประวัติความเป็นมาของพิพิธภัณฑ์ฯ